متابولیتهای ثانویه ترکیبات شیمیایی طبیعی هستند که توسط گیاهان تولید میشوند اما مستقیماً در رشد و بقای اولیه آنها نقش ندارند. این ترکیبات عمدتاً در دفاع گیاه در برابر عوامل محیطی، آفات و تنشها مؤثرند. در گیاهان دارویی، متابولیتهای ثانویه عامل اصلی اثرات درمانی محسوب میشوند. مهمترین گروههای این ترکیبات شامل آلکالوئیدها، فلاونوئیدها، ترپنوئیدها، تاننها و گلیکوزیدها هستند.